主要有劇情、地圖、支線、寶可夢、音樂和遊戲難度的區別。

如果是你通關黨，日月是不錯的選擇。如果你熱衷於對戰和收集，那麼究極日月會是更好的選擇。

1、劇情區別：究極日月主線與日月的差異大概有20% 左右(不含二週目與究極洞)，大多是細節或流程更動(修正)，美樂美樂(一島)變化較多些，二島後變化就慢慢少了。

2、地圖區別：究極日月比日月增加了照相館、衝浪海灘與小道館(叄島)。

3、支線區別：究極日月比日月多了些小支線，寶可夢探索鏡的地點多了一兩個。

4、寶可夢區別：究極日月比日月寶可夢的種類更多，可以抓到的種類也就更多了。

5、音樂區別：究極日月對戰音樂較日月動感許多。

6、遊戲難度區別：究極日月較日月提高了一些，如到達烏拉烏拉島(叄島)後，與哈烏的對戰中，日月版中他僅使用3只寶可夢；在究極日月中，他使用了5只寶可夢。其次，在路上的路人對戰難度也有所增加。

日月為究極日月埋下了伏筆：

伏筆1：:日月每一個島上都有一座城市空地，市政府的人也告訴你不知道建什麼好，最後庫庫伊博士建成了阿羅拉聯盟，但是隻有四天王(還找了主角去充冠軍)並沒有建道館。

伏筆2：莉莉艾去關東修行救媽媽，連結動畫的話莉莉艾第一隻正式寵是冰系的六尾白晃晃，雖然擔心她在關東抓不到白色六尾，但是無論是動畫ed中的尬舞還是莉莉艾的穿著，都暗示她將成為冰系大師。