被佩恩一眾（長門）殺死。

為了調查曉組織的情報，獨自一人潛入雨忍村，後遭遇佩恩一眾，經過一場大戰，因死之前沒有完全掌握佩恩一眾能力，導致體力和查克拉耗盡。最後被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作則成功逃回木葉。但之後的第四次忍界大戰中，藥師兜一直沒能找到自來也和宇智波止水的屍體，所以沒有被穢土轉生復活。

角色經歷——

1、自來也與大蛇丸、綱手為木葉隱忍者學校的同期學員。被分配到三代目火影猿飛日斬所帶領的班級。

2、但自來也另尋其路，在陰差陽錯地穿越到妙木山後拜見了大蛤蟆仙人，從此開始在妙木山修行，透過自己堅持不懈的努力，自來也學會了一系列極強的忍術，其中包括仙術。

3、在第二次忍界大戰中，綱手與自來也、大蛇丸聯手跟雨隱村頭目“山椒魚半藏”對戰。其他木葉忍者死傷過半，只有他們三人能支援到最後，半藏因此賦予他們“木葉三忍”的稱號。

4、隨後雨隱村的一次任務中，他們三人偶遇三名雨隱村的孤兒，分別是彌彥、小南和長門。原本大蛇丸想殺死三個戰爭孤兒，但他們因為有自來也的維護而存活了下來，更得到自來也傳授忍術。

後來彌彥已死，長門和小南聯手阿飛建立曉組織，最後殺死潛入雨忍村的自來也。自來也也是彌彥、小南和長門的老師