虐殺原形2中，最後一個任務是摧毀城市裡所有的變異體，之後進入劇情。

劇情中，在遊戲結尾James將女兒拜託給Dana照顧，自己則準備獨自離開，他不想讓女兒看到近乎怪物的自己。然而在James臨走時，女兒從背後一把抱住了他。

最終，James牽著女兒的手，和Dana一起眺望遠方的朝陽，Dana問他以後該怎麼做，James沒有回答她，毫無疑問，自己和女兒，今後還有很長一段路要走。

擴充套件資料：

支線任務

在遊戲中，較前作新增加了支線的收集任務和“黑網記憶”，收集品在地圖上會以白色波紋的波動來顯示，玩家可透過白色波紋每次顯現的位置來確定收集品的位置所在並加以收集。而“黑網記憶”則會以金色五角星顯示。每個地區的支線任務和收集品完成後都會給予玩家一定的EP獎勵和能力突變來強大玩家的自身力量。

收集品：

1、黑匣子：透過尋找在各個地點意外死亡的黑色守望士兵的屍體來找到黑色守望軍隊內用來作電子記錄的“黑匣子”，可以透過它們來了解黑色守望內的各種奇聞異事及情報。

2、戰場特工：黑色守望派在指定地點用以研究感染物的科學家們，旁邊跟著一群守衛著他們的黑色守望士兵，摧毀他們來終止黑色守望的平民實驗。

3、巢穴：以海勒的話來說，就是“一個髒得要死的洞”，實際上是所有感染者在各個區域所設下的基地，和一代的母巢相去不遠，透過摧毀洞穴可以緩解每一個區域的感染程度，也可以提升海勒的實戰能力。