瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂或瓊脂糖作支援介質的一種電泳方法。對於分子量較大的樣品，如大分子核酸、病毒等，一般可採用孔徑較大的瓊脂糖凝膠進行電泳分離。瓊脂糖凝膠約可區分相差100bp的DNA片段，其解析度雖比聚丙烯醯胺凝膠低，但它製備容易，分離範圍廣，尤其適於分離大片段DNA。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的範圍為0.2-20kb，利用脈衝電泳，可分離高達10^7bp的DNA片段。瓊脂糖凝膠的特點天然瓊脂（agar）是一種多聚糖，主要由瓊脂糖（agarose，約佔80%）及瓊脂膠（agaropectin）組成。瓊脂糖是由半乳糖及其衍生物構成的中性物質，不帶電荷，而瓊脂膠是一種含硫酸根和羧基的強酸性多糖，由於這些基團帶有電荷，在電場作用下能產生較強的電滲現象，加之硫酸根可與某些蛋白質作用而影響電泳速度及分離效果。因此，目前多用瓊脂糖為電泳支援物進行平板電泳，其優點如下。（1）瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可以進行電泳。（2）瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大（約佔98%~99%），近似自由電泳，樣品擴散較自由電流，對樣品吸附極微，因此電泳圖譜清晰，解析度高，重複性好。（3）瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。（4）電泳後區帶易染色，樣品極易洗脫，便於定量測定。製成幹膜可長期儲存。目前，常用瓊脂糖作為電泳支援物，分離蛋白質和同工酶。將瓊脂糖電泳與免疫化學相結合，發展成免疫電泳技術，能鑑別其他方法不能鑑別的複雜體系，由於建立了超微量技術，0.1ug蛋白質就可檢出。