青黴菌屬多細胞，營養菌絲體無色、淡色或具鮮明顏色。菌絲有橫隔，分生孢子梗亦有橫隔，光滑或粗糙。基部無足細胞，頂端不形成膨大的頂囊，其分生孢子梗經過多次分枝，產生幾輪對稱或不對稱的小梗，形如掃帚，稱為帚狀體。分生孢子球形、橢圓形或短柱形，光滑或粗糙，大部分生長時呈藍綠色。有少數種產生閉囊殼，內形成子囊和子囊孢子，亦有少數菌種產生菌核。

麴黴菌絲有隔膜，為多細胞黴菌。在幼小而活力旺盛時，菌絲體產生大量的分生孢子梗。分生孢子梗頂端膨大成為頂囊，一般呈球形。項囊表面長滿一層或兩層輻射狀小梗(初生小梗與次生小梗)。最上層小梗瓶狀，頂端著生成串的球形分生孢子。以上幾部分結構合稱為"孢子穗"。孢子呈綠、黃、橙、褐、黑等顏色。這些都是菌種鑑定的依據。分生孢子梗生於足細胞上，並透過足細胞與營養菌絲相連。麴黴孢子穗的形態，包括分生孢子梗的長度、頂囊的形狀、小梗著生是單輪還是雙輪，分生孢子的形狀、大小、表面結構及顏色等，都是菌種鑑定的依據。

青黴常分佈在黴腐變質的水果、蔬菜、糧食和皮革等物體上，菌體直立菌絲的頂端長有掃帚狀的結構，結構的每一個分枝上，生有成串的孢子，成熟的孢子呈青綠色，進行孢子生殖。

麴黴廣泛分佈在穀物、空氣和土壤中，麴黴直立菌絲的頂端膨大成球狀，球狀結構的表面放射狀地生有成串的孢子，孢子隨麴黴種類的不同而呈黃色、橙色或黑色。

實際上，青黴和麴黴所呈現出的不同顏色，都是由孢子的顏色造成的。它們的菌絲內不含色素，是無色的。

直立菌絲，又叫氣生菌絲，直立於營養基質之外，頂端可產生孢子，是繁殖用的。

營養菌絲,又稱基質菌絲，著生在營養基質內，主要功能是吸收營養物質，有的可產生不同的色素，是菌種鑑定的重要依據。