朱棣是朱元璋的親生兒子。

1、從出生時間判斷

朱棣出生於元末亂世的至正二十年（1360年）四月十七日。前線傳來了陳友諒進攻太平（今安徽塗縣）的告急文書，1361年朱元璋親自率軍討伐，大破陳友諒水軍於安慶，長驅直入抵達江州，陳友諒戰敗。

從時間上可見朱棣是朱元璋的親生兒子。

2、從朱棣父母認識時間判斷

朱棣的母親早在1352年，在陳友諒率兵東下（公元1360年）之前就認識了，並且是馬氏的養父親子許配給朱元璋的。

1352年（至正十二年），郭子興在定遠（安徽定遠）起兵響應。郭子興聚眾燒香，成為當地白蓮教的首領，同年農曆二月二十七日，率領起義軍攻下濠州後，郭子興自稱元帥。

濠州鍾離人朱元璋前來投奔郭子興的義軍，朱元璋入伍後精明能幹，處事得當，打仗時身先士卒，獲得的戰利品全部都上交郭子興元帥，得了賞賜，又說功勞是大家的，就把賞賜分給大家。不久，朱元璋在部隊中的好名聲傳播開來。郭子興也把他視作心腹知己，有重要事情總是和朱元璋商量 。

郭子興見朱元璋是個人才，對自己的事業將會有很大的幫助。於是便把養女馬氏許配給了朱元璋。馬氏與朱元璋成親後，和朱元璋感情深厚，追隨朱元璋南征北戰，精心輔佐朱元璋。

3、從朱棣父母的感情判斷

朱棣的母親孝慈高皇后1352年（至正十二年）嫁給了時為紅巾軍將領的朱元璋。婚後與朱元璋感情深厚。在朱元璋平定天下、建立帝業的歲月裡，馬氏和他患難與共。並未和陳友諒有關係。

是朱元璋親生的，這點沒問題。但他是庶出，母親身份很低。朱棣奪得江山後，為了證明自己皇位的合法性，稱自己是馬皇后所生，並大肆篡改史書。