外寡糖鏈可以透過改變蛋白質的構象、聚合、降解、疏水性、電荷、溶解度、粘度、質量及大小，修飾蛋白質的理化性質。有關糖蛋白中寡糖鏈的理化效應的研究報道很多，其中最為典型的就是寡糖鏈對糖蛋白熱力學性質的影響。利用不同單糖衍生物的不同反應能力設定寡糖合成的程式；三種合成複雜型N-糖鏈的方法；以及利用工程化的蛋白酶連線糖肽和肽鏈合成糖蛋白，利用內含肽(intein)的特性，通用非酶的轉肽反應合成糖蛋白，利用N-糖鏈的內切糖苷水解酶改造糖蛋白中原有的糖鏈糖蛋白中的蛋白質是其生理功能的主要承擔者，而糖鏈則對蛋白質的功能起修飾作用。這種修飾作用極其多樣化，斯坦利（P. Stanley）指出，這種作用有兩大類：分子內作用，如蛋白質的正確摺疊、細胞內定位、生物活性、溶解度、抗原性、生物半壽期、蛋白酶敏感性等；分子間作用，如趨靶於溶酶體、趨靶於組織、細胞－細胞黏附和結合病原體等。歸根結底，是糖影響著蛋白質的整體構象，從而影響由構象決定的所有功能。雖然目前人們已知道糖鏈的作用經，但是糖鏈由於糖分子自身的結構特點，使得對糖的研究工作非常複雜，因此有關糖類生化的研究遠落後於蛋白質和核酸的研究水平。儘管如此，著名生物學家Ajit Varki指出：“在即將到來的‘後基因組學時代’中，當人們來越多地將注意力集中到完整器官或生物體的發育和生理學的分子機制時，糖鏈生物學功能將會更加顯而易見。”。糖鏈的生物學功能是透過糖鏈對蛋白質功能的修飾、糖綴合物糖鏈與蛋白質的識別來實現的。可以預見，隨著糖鏈在生命活動中的功能和調控機制研究的深入，必將極大地促進功能基因組學和蛋白組學的研究。