醫學的灌腸（enema）是指透過肛門引液體灌洗直腸的操作。有治療疾病（例如便秘）、另類保健療法、或者色情（例如性虐待）的用途。 使用的器具及液體必須為醫用，否則很容易引發危險。除不潔器具導致的感染外，操作不當還可能引起腸穿孔、過量液體吸收而引起的心力衰竭、電解質失衡等。

灌腸的主要醫學用途有：

* 作為區域性瀉藥。在灌腸後病人隨液體排出糞便，可用來治療便秘和糞便嵌塞（fecal impaction）。今天在很大程度上被口服、栓劑形式的瀉藥代替。瀉藥灌腸一般使用水（機械作用）、磷酸鈉溶液（因從血液裡吸水到直腸，比水更有效）或者礦物油（潤滑、軟化糞便作用）。 過去還有人使用肥皂水，但因容易導致結腸炎不再流行。

* 手術、檢查（如結腸鏡）之前用來清理腸道，一般用磷酸鈉。

* 透過腸道向血管內給藥。例如在病人嚴重噁心，口服止嘔藥困難的情況下。也可用來補充體液--參見給藥途徑。

* 透過肛門區域性給藥。例如用可的松類藥物灌腸治療炎症性腸病（inflammatory bowel disease），以減少對身體其他部分的副作用。

* 有時全身麻醉也可透過灌腸給藥。

* 腸道造影之前用硫酸鋇等顯影劑灌腸。

直到20世紀，有些地方（例如美國）灌腸是很常見的程式，被用來治療發燒。另外產婦臨盆之前用其引發分娩並防止分娩過程中的糞便感染，不過因為優點不明顯而且不舒服已不常用。

球型肛門注射器，可用於小量灌腸。