明朝是1368-1644年（不含明鄭時期）。

以臺灣歷史記載，1281年，元軍東征日本失敗。回程經過澎湖，設澎湖巡檢司。這也是臺灣首次的官署設定。

由明朝歷史來看，前期倭寇猖獗，1371年開始實施封海政策（前後約200年），並且每隔幾年就重申一次。在1563年考慮沿海治安，才依照元朝的方式，復設澎湖巡檢司。

1622年，荷蘭東印度公司佔領澎湖又被明軍擊退後，1624與明軍年簽約，放棄澎湖經營權，轉向臺灣南部。1662年，鄭成功渡海打敗荷蘭東印度公司，到1683年降清。

從上面的記載來看，整個兒明朝即便前面加上荷蘭人，後面算上明鄭時期，真正開始經營也大概才60年。開發時間很短，是第一個原因。

另外，明朝既然嚴禁商民船隻私自出海。後來也僅允許部份城市開海（如泉州、漳州）。因此，移民到臺灣的，要不是非法所許地渡海，就是允許攜眷的少數（如駐紮的軍隊），或是明鄭時期安置下來的人口。沒有家眷，也很難產生大量的人口。

由於明鄭是以臺南府為據點，臺灣素有"一府（臺南府）、二鹿（鹿港）、三艋舺（臺北萬華）"的排序。由此可知，在當時的政治經濟條件下，臺南兼具港口和官署的功能。因此，無論臺北或高雄，都不是當時的發展核心。臺北開發主要在清朝以後，高雄則更晚了。