轉錄因子必須在核內作用，才能起到調控表達的目的。因此，轉錄因子上的核定位序列是其重要的組成部分。一般一個或多個核定位序列在轉錄因子中不規則分佈，同時也存在不含核定位序列的轉錄因子，它們透過結合到其它轉錄因子上進入細胞核。核定位序列一般是轉錄因子中富含精氨酸和賴氨酸殘基的區段。目前，水稻中的GT-2、西紅柿中的HSFA1-2、玉米的O2和碗豆的PS-IAA4和6等轉錄因子中的核定位序列都已被鑑定 (Boulikas, 1994; Dehesh et al., 1995; Lyck et al., 1997; Varagona et al., 1992; Abel and Theologis, 1995)。
也是轉錄因子調控表達的重要位點，但是對其作用機理研究尚不深入。可能的作用方式有三種：1）與啟動子的調控位點結合，阻止其它轉錄因子的結合；2）作用於其它轉錄因子，抑制其它因子的作用；3）透過改變DNA的高階結構阻止轉錄的發生。
轉錄因子必須在核內作用，才能起到調控表達的目的。因此，轉錄因子上的核定位序列是其重要的組成部分。一般一個或多個核定位序列在轉錄因子中不規則分佈，同時也存在不含核定位序列的轉錄因子，它們透過結合到其它轉錄因子上進入細胞核。核定位序列一般是轉錄因子中富含精氨酸和賴氨酸殘基的區段。目前，水稻中的GT-2、西紅柿中的HSFA1-2、玉米的O2和碗豆的PS-IAA4和6等轉錄因子中的核定位序列都已被鑑定 (Boulikas, 1994; Dehesh et al., 1995; Lyck et al., 1997; Varagona et al., 1992; Abel and Theologis, 1995)。
絕大多數轉錄因子結合 DNA前需透過蛋白質-蛋白質相互作用形成二聚體或多聚體。所謂二聚體化就是指兩分子單體透過一定的結構域結合成二聚體，它是轉錄因子結合DNA時最常見的形式。由同種分子形成的二聚體稱同二聚體，異種分子間形成的二聚體稱異二聚體。這種多聚體的形成是轉錄因子上的寡聚化位點 (oligomerization site) 相互作用的結果，寡聚化位點的氨基酸序列很保守，大多與DNA結合區相連並形成一定的空間構象。除二聚化或多聚化反應，還有一些調節蛋白不能直接結合DNA，而是透過蛋白質－蛋白質相互作用間接結合DNA，調節基因轉錄，這樣就形成了一個表達調控的複合物。