一、按人體需要分：非必需氨基酸和必須氨基酸。其中必需氨基酸的意思是：人體必須但是人體自身又無法合成的氨基酸主要有苯丙氨酸、甲硫氨酸、纈氨酸、賴氨酸、蘇氨酸、色氨酸、亮氨酸、異亮氨酸；而非必須氨基酸則有天冬氨酸、天冬醯胺、穀氨酸、谷氨醯胺、脯氨酸、半胱氨酸、組氨酸、絲氨酸、甘氨酸、精氨酸、酪氨酸、丙氨酸。

二、按R基的極性分類：R基有電荷的氨基酸有5種，其中天冬氨酸和穀氨酸的R基解離後帶負電，故又稱酸性氨基酸，賴氨酸、精氨酸和組氨酸的R基解離後帶正電，故又稱鹼性氨基酸。

R基有極性但不帶電荷的氨基酸有7種：絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸、天冬醯胺、谷氨醯胺、半胱氨酸、甘氨酸。

R基為非極性的氨基酸有8種。

三、α-氨基酸：組成生命蛋白質的20種氨基酸都可看成是羧酸分子中α-碳原子上的一個氫原子被-NH2取代而生成的化合物，與羧基相鄰的碳原子為α位，依次為β、γ……，20種氨基酸中，除脯氨酸外，均為α-氨基酸。

四、手性與旋光性、L型與D型氨基酸

手性碳即碳原子上所連的四個基團或原子各不相同，凡是具有手性碳原子的物質都具有旋光性。能使偏振光振動平面旋轉的性質稱為物質的旋光性。

人為規定-COOH在C原子的上端時，-NH2在左邊的為L型，-NH2在右邊的為D型，它們互為映象或稱手性關係，即左手和右手關係（如圖）。

20種氨基酸都是L型氨基酸，除甘氨酸不具手性，不具旋光性，其它氨基酸都具有。