蛋白蟲很難徹底消滅，特別是在熱帶魚缸中，溫度高，含氮物質豐富，更會氾濫。保持迴圈系統工作正常，減少魚量和為食，可減少數量。草缸基本看不到蛋白蟲。

蛋白蟲對魚無害，可忽略不管

最好馬上進行全缸換水，在為魚換水時一定要注意溫度和水質。並用鹽水、黃粉或慶大黴素溶液徹底清洗魚缸，再讓魚缸浸一會兒鹽水。

把所有魚撈到別的缸或盆子，再用0。3%的鹽水或慶大黴素給魚浸泡5---10分鐘。這能殺死很多魚身上的寄生蟲，浸泡完之後就能把魚放回魚缸了。

加強魚缸過濾系統、先用磁力刷搞一下、 先換水1/3（以後少量多次換水）、勤洗濾棉、用原缸水分衝批洗濾材 、減少餵食 、大麥蟲、麵包蟲暫時不喂。買只大點的清道夫，這種情況是不可能出現的。

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蛋白蟲的產生

蟲體作為一種活體是不可能在沒有蟲源的前提下無故在水中自生，例如一缸水加很多人工餌料，在沒有活體且封閉的前提下多少天也不可能自生出蛋白蟲，蛋白蟲極容易由活體餌料帶來。

所以，平常在餵食時，大麥蟲、麵包蟲儘量少喂，以飼料最佳，小河魚，小河蝦也最好當零食，不要當主食。飼料做為主要食物，因為飼料總是經過消毒的，凍過的小魚小蝦雖然也無害，但是長期下去，會對蛋白蟲生長形成有利條件，也應少喂。

蛋白蟲最喜歡的是肥水，所以平時要多清洗清洗魚缸，尤其是過濾棉太久不洗，糞便、殘渣在上邊長期滯留，恰好為蛋白蟲的生長提供了場所以及營養，蛋白蟲會在上面不斷滋生，還要勤換水，以保證魚缸有良好的水質。