限制性內切酶有很多種類的
限制酶識別序列的長度一般為 4-8 個鹼基，最常見的為 6 個鹼基。當識別序列為 4 個和 6 個鹼基時，它們可識別的序列在完全隨機的情況下，平均每 256 個和 4096 個鹼基中會出現一個識別位點（4^4=256，4^6=4096）。以下是幾個有代表性的種類，箭頭指切割位置。
4 個鹼基識別位點：Sau3AⅠ ↓GATC
5 個鹼基識別位點：EcoRⅡ ↓CCWGG
NciⅠ CC↓SGG
6 個鹼基識別位點：EcoRⅠ G↓AATTC
HindⅢ A↓AGCTT
7 個鹼基識別位點：BbvCⅠ CC↓TCAGC
PpuMⅠ RG↓GWCCY
8 個鹼基識別位點：NotⅠ GC↓GGCCGC
SfiⅠ GGCCNNNN↓NGGCC
以上序列中部分字母代表的鹼基如下。
R=A 或 G Y=C 或 T M=A 或 C
K=G 或 T S=C 或 G W=A 或 T
H=A 或 C 或 T B=C 或 G 或 T V=A 或 C 或 G
D=A 或 G 或 T N=A 或 C 或 G 或 T
限制性內切酶有很多種類的
限制酶識別序列的長度一般為 4-8 個鹼基，最常見的為 6 個鹼基。當識別序列為 4 個和 6 個鹼基時，它們可識別的序列在完全隨機的情況下，平均每 256 個和 4096 個鹼基中會出現一個識別位點（4^4=256，4^6=4096）。以下是幾個有代表性的種類，箭頭指切割位置。
4 個鹼基識別位點：Sau3AⅠ ↓GATC
5 個鹼基識別位點：EcoRⅡ ↓CCWGG
NciⅠ CC↓SGG
6 個鹼基識別位點：EcoRⅠ G↓AATTC
HindⅢ A↓AGCTT
7 個鹼基識別位點：BbvCⅠ CC↓TCAGC
PpuMⅠ RG↓GWCCY
8 個鹼基識別位點：NotⅠ GC↓GGCCGC
SfiⅠ GGCCNNNN↓NGGCC
以上序列中部分字母代表的鹼基如下。
R=A 或 G Y=C 或 T M=A 或 C
K=G 或 T S=C 或 G W=A 或 T
H=A 或 C 或 T B=C 或 G 或 T V=A 或 C 或 G
D=A 或 G 或 T N=A 或 C 或 G 或 T