乳與乳製品是一類營養豐富的食品，是各種微生物極好的天然培養基。如果鮮乳汙染了微生物或乳製品在生產過程中汙染了微生物，這些微生物在適宜條件下，就會迅速繁殖，影響乳何乳製品的質量。微生物在代謝過程中產生各種代謝產物，引起乳與乳製品變質或食物中毒，但微生物也可以帶來一些有益的作用。人們就是利用這些有益作用來製造一些發酵乳製品。乳酸菌是牛乳中的主要細菌，該菌能夠分解乳糖，形成乳酸。使乳與乳製品的酸度上升，一部分異型乳酸發酵的乳酸菌會產生一些不良的風味物質，使乳製品變質，不能食用。有些乳酸菌在發酵過程中會產生乳酸、羥丁酮何丁二酮等具有芳香氣味的物質，可用於生產發酵乳製品。腸道桿菌是乳中一類腐敗菌，在乳品生產中是評定乳製品汙染程度的指標之一，這類菌能分解乳中脂肪、蛋白質，產酸、產氣，併產生吲哚、硫化氫等腐臭物質。酵母在乳中可誘導酒精發酵，使乳糖變成酒精何二氧化碳。利用這一特性可生產出味道香醇的製品，如奶酒。但酵母也會使煉乳罐頭脹罐，酵母分解蛋白質和脂肪，使乳和乳製品產生不良的風味甚至臭味。汙染乳和乳製品的黴菌主要有：根黴、毛黴、麴黴、青黴、串珠黴等。大多數屬腐敗菌。但有些種類在生產乾酪時是不可缺少的。乳和乳製品中除有這些腐敗性微生物外，還會有病原性微生物存在。這些微生物引起的食品中毒或傳染性疾病包括：葡萄球菌素中毒、真菌性毒素中毒、致病性大腸桿菌中毒、傷寒、細菌性痢疾、霍亂、布氏桿菌病、炭疽、結核等。乳和乳製品中是不允許有病原性微生物存在的。在加工過程中，應採用加熱消毒法殺滅這些微生物。