固有免疫和適應性免疫是相輔相成的、密不可分的。固有免疫往往是適應性免疫的先決條件，如樹突狀細胞和吞噬細胞吞噬病原生物實際上是一個加工和提呈抗原的過程，為適應性免疫應答的識別準備了條件。適應性免疫應答的效應分子可大大促進固有免疫應答，如抗體可促進吞噬細胞的吞噬能力，稱為調理吞噬，或促進NK細胞的細胞毒作用；又如，許多由T細胞分泌的細胞因子可促進參與固有免疫應答細胞的成熟、遷移和殺傷功能。沒有固有免疫細胞和分子的介入，就不會出現有效的特異性免疫應答。固有免疫和適應性免疫是免疫系統(immune system)不可分割的兩個方面。1．參與固有免疫和適應性免疫的細胞和分子在結構和功能上的關聯性(1)免疫細胞：參與固有免疫(Me、NK細胞)和適應性免疫(T、B淋巴細胞)的細胞間存在兼有兩者特性的免疫細胞，如前面提到的固有類淋巴細胞NKT、78T和B1細胞。(2)免疫受體和免疫分子：有提呈抗原肽供T細胞識別的MHCI、Ⅱ類經典分子，也有本身作為配體或提呈抗原供NK細胞和NKT細胞識別的非經典MHC分子和CDl。圖1—17表明，三者的立體構型十分相似，都有由b片層和。—螺旋構築的抗原結合槽，有的還同時結合有b2微球蛋白。(3)固有免疫和適應性免疫以相似的原理、途徑和訊號分子實施細胞訊號轉導。