深海魚油和卵磷脂在營養成分、適用人群和工藝原理方式上都有所不同。

1、主要營養成分不同深海魚油主要是從深海中魚類動物體中提煉出來的不飽和脂肪酸，分別為EPA和DHA。卵磷脂的主要營養成分是磷脂醯膽鹼和不飽和脂肪酸，卵磷脂在嬰幼兒的奶粉、 學生、知識分子及中老年人的營養產品中都可以含有，適用人群更廣。深海魚油多應用於三高人群、有關節炎、痛風、哮喘等中老年人群。幼兒、兒童及青少年需要補充不飽和脂肪酸，但是不建議從魚油中補充，而是從食物中正常補充。

3、工藝原理方式不同卵磷脂軟膠囊是以液體卵磷脂為原料加入甘油或大豆油稀釋後，用明膠包裹而成，雖然服用較為方便，但有效成分含量低一般少於60%，並且添加了較多食品新增劑，因此價格較低，但需加大服用量。是大部分品牌卵磷脂採用的劑型。提煉深海魚油的原料來源為野生三文魚，人工三文魚，雜魚，如柴魚、沙丁魚，雜魚加豆油。深海魚油、魚肝油、魚油，三者都來自魚身，但對人的保健治療作用各有不同，服用時不可混淆。深海魚油是來自深海魚類脂肪的提取物。一般情況下，定量複用深海魚油大多不會產生副作用，但服用深海魚油劑量過高，會導致血液不易凝結，會出現副作用一定的副作用。副作用一般包括如下幾個：

2、某些魚類，特別是鯊魚、鯖魚和養殖鮭魚，可能會受到汞和其他化學品的汙染。導致服用這些海魚油會產生強烈的副作用，要選擇純度高，提取自深海無汙染魚類的魚油產品，綠色海域魚或深海小魚保障食物鏈環境汙染度最低，相對更加安全。