一是當時的東京從物理角度也確實沒什麼可炸的了，3月與5月的兩次“李梅火攻”幾乎徹底摧毀了東京城市建成區的60%，85%的城市建築都被不同程度地毀壞了，傷亡人數高達20多萬。在這種反覆轟炸的基礎上再投下一枚原子彈，無非是把已經炸完的廢墟再炸一遍，造成的威懾效果並不明顯，最好是找一個基本完整的、沒有被轟炸過的大城市實施核突擊才能給日本方面造成最大的震懾；

二是東京作為戰爭的中樞依然蝟集著日本帝國大部分的陸海軍高階將領與以大本營與陸軍參謀本部、海軍軍令部為代表的指揮中心。在先前的李梅火攻中，由於考慮到消滅高階將領的行為可能導致日本軍隊的中下層軍官更加瘋狂與難以控制，因此這些要害部位並未被列為轟炸目標。而原子彈的殺傷效果可不管你是不是高階軍官，這些將官被核攻擊消滅後怕是鬼子會出現更多的下克上事件（從投降之前日軍中下層還能搞出宮城事件可見一斑）；

▲李梅火攻下的東京

三是東京還是皇居所在地與昭和天皇的駐地，彼時的美軍與白宮高層已經在考慮戰後的日本社會天皇的位置與能夠發揮的作用，並且已經基本上形成了一定的共識，那就是：天皇不能被消滅，日本需要這樣一個精神偶像來作為現代化程序的“離合器”，美軍也需要這樣一個媒介來深入並控制日本社會。在這種情況下，貿然消滅天皇不僅會使得美軍同未來佔領區民眾的關係徹底對立，還會給日本戰後的現代化程序造成更多的不可控因素。

▲麥克阿瑟和裕仁天皇

於是經過權衡，美軍未將東京列為核攻擊目標，東京也就僥倖免於一劫。