最後一戰亞歷山大帝戰死，韋伯回到時鐘塔繼續修行。Saber亞瑟王在和狂戰士蘭斯洛特的戰鬥中，因為蘭斯洛特的Master間桐雁夜魔力被吸乾了，Saber戰勝了蘭斯洛特，間桐雁夜爆發出生命的奇蹟爬回了間桐宅，死在美好的幻想中。衛宮切嗣在與神父言峰綺禮的戰鬥中被聖盃“汙泥”浸染，進到聖盃內部，切嗣發現聖盃的真相，聖盃已經被汙染，會把所有的願望引向毀滅，例如期望世界和平，人類死光了自然就和平了。Saber亞瑟王被切嗣以兩發令咒命令摧毀聖盃，連維持身體的魔力都用上了，釋放出寶具就直接退出了聖盃戰爭。但是Saber摧毀的只是盛放聖盃的“殼”，聖盃真正的所在是在天空中的“大空洞”，沒有了殼的束縛，聖盃中的“汙泥”傾洩而出，毀掉了周圍的一切，衛宮士郎的父母因此喪命。而吉爾加美什卻因其強烈的意志沒有被聖盃同化，反而得到了肉體，能夠長久的存在於世。衛宮切嗣發現自己的過失導致了周圍的毀滅，萬念俱灰，幸好救出了衛宮士郎，撫養他，這也是衛宮士郎為什麼姓“衛宮”。衛宮切嗣遭受聖盃“汙泥”汙染後，身體其實已經瀕臨崩潰，他多次前往愛因茲貝倫城堡，想要帶出伊莉雅，但是因為在聖盃戰爭中摧毀了聖盃，在愛因茲貝倫看來等同於背叛，連愛因茲貝倫的防護結界都無法突破，他回到冬木市，向士郎隱晦的述說自己的人生，並說明：長大後就成不了正義的夥伴了，我已經不是，也做不到了。但是士郎說：“嗯，如果你已經沒辦法實現了的話，就讓我來代替你實現吧。”“爺爺已經是大人了所以可能沒辦法了。但是我沒問題。所以，交給我吧。”衛宮切嗣笑了:”是啊。啊啊——這樣的話我就可以安心了。"然後靜靜死去。

這是第四次聖盃戰爭的結局，士郎說：“交給我吧。”Saber在劍欄悲傷哭泣時，被Sunny籠罩。伊莉雅在愛因茲貝倫的城堡期待切嗣的迴歸，孰不知她馬上就將作為第五次聖盃戰爭的Master與聖盃容器進行改造。喪父的遠坂凜強忍悲傷努力修煉，間桐櫻在間桐宅的地下室被蟲子凌辱改造。

十年後，第五次聖盃戰爭開啟。