1．加帽

此過程發生在細胞核內，即對前體mRNA進行加帽。在轉錄的早期或轉錄終止前已經形成。加工過程首先是在磷酸酶的作用下，將5"-端的磷酸基水解，然後再加上鳥苷三磷酸，形成GpppN的結構，最後以S-腺苷甲硫氨酸進行甲基化，形成帽子結構。帽子結構有多種，起識別和穩定作用。

2．加尾

這一過程也是細胞核內完成，首先由核酸外切酶（RNA酶）切去3"-端一些過剩的核苷酸，再由多聚腺苷酸聚合酶加尾，再加入polyA。尾與透過核膜有關，還可防止核酸外切酶降解。

3．剪接

真核生物中的結構基因基本上都是斷裂基因。結構基因中能夠指導多肽鏈合成的編碼順序被稱為外顯子，而不能指導多肽鏈合成的非編碼順序就被稱為內含子。真核生物前體mRNA的剪接一般需snRNA（一種小核RNA，參與加工RNA），透過形成套索狀結構而將內含子切除掉。

真核生物編碼蛋白質的核基因的內含子屬於第二類內含子，左端為GT，右端為AG。先在左端切開，產生的5’末端與3’端上游形成5’，2’-磷酸二酯鍵，構成套索結構。然後內含子右端切開，兩個外顯子連線起來。透過不同的拼接方式，可形成不同的信使RNA。

4．內部甲基化

由甲基化酶催化，對某些鹼基進行甲基化處理。可能對前體的加工起識別作用。