1、可能導致腎臟異常

英國《獨立報》披露了轉基因食品巨頭孟山都公司的一份秘密報告。報告顯示，給老鼠餵食轉基因玉米後，導致其血液變化和腎臟異常。

由於中國最常見的轉基因食品主要是轉基因大豆油，由此也引發消費者對轉基因大豆油安全性的擔憂。但是對人體有沒有這種危害，暫時還不明確。

2、植物內部重組危害

轉基因植物是人為的將兩種基因重組，為了保證其正常的生長所加入的特定基因以及重組所帶來的潛在新威脅，使得轉基因食品的內部變化極大，就如轉基因植物之所以絕育，就是因為這個原因，所以它的威脅是極大的，也是最不可防的。

3、可能對人體產生過敏反應

全世界有近2%的成年人和4%—6%的兒童發生過食品過敏，而90%的過敏是由蛋、魚、貝殼、奶、花生、大豆、堅果和小麥8種食物引起的。轉基因大豆由於其引入外部基因所以可能對人體更容易產生過敏反應。世界上一些國家的事實也證實了轉基因大豆存在一定過敏性。

4、可能會影響人體對抗生素產生抗性

轉基因大豆中引入了外部基因，如果這些抗生素標記基因進入人體，則有可能轉移到有害的致病菌中，從而使它們產生耐抗生素的能力，降低抗生素的臨床有效性，也可能使人體對很多抗生素產生抗性。

5、可能引發中毒

轉基因食品中，由於對基因的人工打亂和新增，使得轉基因食品在達到某些人們想達到的效果的同時，也增加和食物中的微量毒素。

6、營養價值降低

外來的基因會肯定會以一種人們特別的方式破壞食物中的營養成分，使得其營養價值降低。

7、環境的影響

大部分轉基因食品中含有從桿菌中提取出來的細菌基因，這種基因會產生一種對昆蟲和害蟲有毒的蛋白質，使得大自然中的其他動植物的生存環境被改變，這樣就認為的破壞了自然平衡，自然也就對整個自認環境造成了很大的影響。