細菌的細胞小而透明，在普通的光學顯微鏡下不易識別，必須對它們進行染色。利用單一染料對細菌進行染色，使經染色後的菌體與背景形成明顯的色差，從而能更清楚地觀察到其形態和結構，這就對簡單染色，簡單染色後再進行革蘭氏染色，可以更容易區分革蘭氏陽性和革蘭氏陰性菌。 革蘭氏染色法的基本步驟是：先用初染劑結晶紫進行初染，再用碘液媒染，然後用乙醇(或丙酮)脫色，最後用復染劑(如番紅)復染。經此方法染色後，細胞保留初染劑藍紫色的細菌為革蘭氏陽性菌；如果細胞中初染劑被脫色劑洗脫而使細菌染上覆染劑的顏色(紅色)，該菌屬於革蘭氏陰性菌。　　原理： 革蘭氏染色法所以能將細菌分為革蘭氏陽性和革蘭氏陰性，是由這兩類細菌細胞壁的結構和組成不同決定的。實際上，當用結晶紫初染後，像簡單染色法一樣，所有細菌都被染成初染劑的藍紫色。碘作為媒染劑，它能與結晶紫結合成結晶紫一碘的複合物，從而增強了染料與細菌的結合力。當用脫色劑處理時，兩類細菌的脫色效果是不同的。革蘭氏陽性細菌的細胞壁主要由肽聚糖形成的網狀結構組成，壁厚、類脂質含量低，用乙醇(或丙酮)脫色時細胞壁脫水、使肽聚糖層的網狀結構孔徑縮小，透性降低，從而使結晶紫-碘的複合物不易被洗脫而保留在細胞內，經脫色和復染後仍保留初染劑的藍紫色。革蘭氏陰性菌則不同，由於其細胞壁肽聚糖層較薄、類脂含量高，所以當脫色處理時，類脂質被乙醇(或丙酮)溶解，細胞壁透性增大，使結晶紫-碘的複合物比較容易被洗脫出來，用復染劑復染後，細胞被染上覆染劑的紅色。