可見癌組織向下生長，突破基底膜帶並侵入真皮。呈不規則的團塊狀或束條狀，由正常鱗狀細胞和非典型的鱗狀細胞組成，前者分化好，有的形成角質細胞，而後者分化不好，即所謂癌細胞。已分化的鱗狀細胞胞體較大，呈多邊形或不規則形，胞質豐富，部分胞質透明呈空泡化，有細胞間橋，胞核大小及染色深淺不相同，並見巨核、多核和有絲分裂象。由於癌細胞是向角化方向分化的，常見角珠及較多角化不良細胞。未分化或低分化的鱗狀細胞胞體較小，無細胞間橋，呈梭形，胞質很少，核深染，有較多不典型有絲分裂象，其中無角化不良細胞。

通常採用Broders提出的未分化癌細胞所佔的百分比將鱗癌分為Ⅳ級，但須結合癌細胞的非典型程度與損害的侵襲程度進行分級。

Ⅰ級鱗癌：其中所含的非典型鱗狀細胞低於25％，癌組織向真皮侵犯，不超過汗腺水平，癌細胞團塊邊緣在一些部位可見基底細胞排列尚完整，而在另一些部位則排列紊亂，甚至沒有基底細胞。此時癌細胞與周圍的間質無明顯分界，癌組織的細胞排列不規則，大小不等，有不少角珠。有的中心部位已完全形化，有的僅部分角化。在癌組織周圍的真皮內有明顯的炎症反應。特別在形成潰瘍時更為明顯。Ⅰ級鱗癌一般不發生轉移。

Ⅱ級鱗癌：癌組織向下侵犯，達到真皮深層。癌細胞團塊與周圍間質的境界不清，非典型鱗狀細胞較I級為多，約25％～50％，角化情況輕，僅有少數角珠，其中心多見角化不全。周圍的炎症反應較Ⅰ級為輕。

Ⅲ級鱗癌：有大量的非典型鱗狀細胞，約50％～70％，角化情況不明顯，或根本見不到。不見角珠，可見個別角化不良細胞。胞核不典型，有絲分裂象顯著，周圍炎症不明顯，說明組織對癌細胞的反應已不強。

Ⅳ級鱗癌：幾乎整個癌組織的細胞均為非典型鱗狀細胞，且無細胞間橋。有絲分裂象多，已完全看不到角化情況，如癌細胞呈梭形時，常呈旋渦狀排列。此時鱗癌已很難與肉瘤鑑別。