1、內涵不同：按照《辭海》的解釋，“體制”是指國家機關、企業和事業單位在機構設定、領導隸屬關係和管理許可權劃分等方面的體系、制度、方法、形式等的總稱； “機制”原指機器的構造和運作原理，借指事物的內在工作方式，包括有關機構組成部分的相互關係以及各種變化的相互聯絡。兩者的中心語和使用範圍不一樣，“體制”指的是有關組織形式的制度，限於上下之間有層級關係的國家、國家機關、企事業單位，例如經濟體制、政治體制、教育體制、體制改革等；“機制”由有機體喻指一個工作系統的組織機構或部分之間相互作用的過程和方式，例如市場機制、競爭機制、用人機制等。

2、與制度的關係不同：體制通常指體制制度，是制度形之於外的具體表現和實施形式，是管理政治、經濟、文化等社會生活各個方面事務的規範體系。例如經濟體制、軍事體制、教育體制、科技體制等。制度決定體制內容並由體制表現出來，體制的形成和發展受制於制度，又對制度的實施和完善具有重要作用。而機制通常指使制度發揮功能的實踐，機制從屬於制度。機制透過制度系統內部組成要素按照一定方式的相互作用實現其特定的功能。機制的執行規則都是人為設定的，具有強烈的社會性。如，競爭機制、市場機制、激勵機制等。機制的建立離不開制度與體制，同時又有助於制度與體制的執行和實現。

3、在社會結構中所處的層面、功能定位和發揮的作用不同：相對於處於宏觀層面的制度而言，體制位於社會體系的中觀層面，側重於表述“制度系統”，具有格局和規則兩方面的含義，如管理體制，首先是指一定的組織格局，其次這個組織格局或蘊含或影響著這個組織為實現管理功能而進行運作的功能；機制位於社會體系的微觀層面，側重於表述“制度執行”，機制一般體現在微觀的制度和政策，是可以“設計”出來、“執行”起來的，具有實際操作的意義。

體制通常指體制制度，是制度形之於外的具體表現和實施形式，是管理政治、經濟、文化等社會生活各個方面事務的規範體系。機制通常指使制度發揮功能的實踐，機制從屬於制度。