最大的區別在於指數基金是被動型基金而股票基金是主動型基金。
1、投資方式
指數基金提供的投資方式較為方便簡單。因為不需要自行選股，所以投資者不需要擔心基金經理是否會改變投資策略，誰當基金經理就顯得並不十分重要。而股票基金（非指數）基金經理關係就很大了，俗話說換帥如換刀，不同的基金經理管理的基金往往差別是非常大的。因此，選擇股票基金的投資者需要謹慎挑選基金公司，並注意所投的基金是否由有實力、過往業績優異的基金經理管理。
2、投資成本
低成本是指數基金最突出的優勢。基金費用主要包括管理費用、交易成本和銷售費用三個方面。由於指數基金採取持有策略，不用經常換股，因此，其費用一般要遠低於股票基金等主動型基金，這方面的成本差異有時可達1%-3%。
3、投資風險
指數基金和股票基金面臨的主要風險是不同的。
指數基金面臨的主要是系統性風險，而系統性風險是不可以透過分散投資消除的。行情好的時候，指數基金漲的比其他基金相對要快，但行情差的時候，跌的也比其他基金要快，缺乏抗跌性。比如，一隻追蹤上證綜指的完全被動指數型基金與一隻一般的股票型基金，理論上講指數型基金的走勢應該完全依照大盤，而股票型基金可能取得好於或者差於大盤的表現。
股票基金除了面臨市場波動風險外，其盈虧還很大程度上取決於基金經理對市場和個股的選擇和判斷。如果股市暴漲，而此時基金經理沒有做出正確的判斷，沒有加倉或來不及加倉，那麼股票基金預期年化預期收益就會大幅縮水，相比之下指數基金預期年化預期收益就要大很多。但同理，在單邊下跌行情中（即股票只有下跌，沒有上漲的），在正確判斷下，股票基金往往可以透過及時減倉減少損失，將下跌損失控制在指數基金之下。
最大的區別在於指數基金是被動型基金而股票基金是主動型基金。
1、投資方式
指數基金提供的投資方式較為方便簡單。因為不需要自行選股，所以投資者不需要擔心基金經理是否會改變投資策略，誰當基金經理就顯得並不十分重要。而股票基金（非指數）基金經理關係就很大了，俗話說換帥如換刀，不同的基金經理管理的基金往往差別是非常大的。因此，選擇股票基金的投資者需要謹慎挑選基金公司，並注意所投的基金是否由有實力、過往業績優異的基金經理管理。
2、投資成本
低成本是指數基金最突出的優勢。基金費用主要包括管理費用、交易成本和銷售費用三個方面。由於指數基金採取持有策略，不用經常換股，因此，其費用一般要遠低於股票基金等主動型基金，這方面的成本差異有時可達1%-3%。
3、投資風險
指數基金和股票基金面臨的主要風險是不同的。
指數基金面臨的主要是系統性風險，而系統性風險是不可以透過分散投資消除的。行情好的時候，指數基金漲的比其他基金相對要快，但行情差的時候，跌的也比其他基金要快，缺乏抗跌性。比如，一隻追蹤上證綜指的完全被動指數型基金與一隻一般的股票型基金，理論上講指數型基金的走勢應該完全依照大盤，而股票型基金可能取得好於或者差於大盤的表現。
股票基金除了面臨市場波動風險外，其盈虧還很大程度上取決於基金經理對市場和個股的選擇和判斷。如果股市暴漲，而此時基金經理沒有做出正確的判斷，沒有加倉或來不及加倉，那麼股票基金預期年化預期收益就會大幅縮水，相比之下指數基金預期年化預期收益就要大很多。但同理，在單邊下跌行情中（即股票只有下跌，沒有上漲的），在正確判斷下，股票基金往往可以透過及時減倉減少損失，將下跌損失控制在指數基金之下。