2013年，男主角阿爾焦姆剛剛出生不久，核戰爭爆發了，只有少數人躲進了莫斯科地鐵裡，苟延殘喘了下來。

20年後的一天，阿爾焦姆所居住的“國民經濟成就展覽館”站遭到了大量變異生物的進攻，阿爾焦姆的繼父的一個熟人——獵人來找阿爾焦姆的繼父，認為這些變異生物是被一種叫做“黑怪”(Dark Ones)的新生物所驅使來進攻他們這個站的，阿爾焦姆的繼父認為，“黑怪”是生物進化的新方向，是“新人類”(Homo Novus)，自己是打不過它們的;而獵人則堅持無論如何都要消滅“黑怪”，便自己出發了，臨走時把一個掛墜留給阿爾焦姆，並對阿爾焦姆說，如果自己回不來，就去“城邦”(Polis)找一個叫米勒(俄語原版裡叫梅利尼克)的漫遊者(Ranger)，讓他向城邦議會請求援助。

結果獵人沒有回來，阿爾焦姆就瞞著繼父，參加了一個商隊，踏上了前往城邦的旅途。

歷經千辛萬苦之後，阿爾焦姆總算到了城邦，找到了米勒，米勒也答應向城邦議會提出援助“展覽館”站，沒想到議會開了四個多小時的會後，決定不派援軍，讓阿爾焦姆大失所望。

米勒也很失望，但他說，不要灰心，他還有辦法幫助阿爾焦姆，然後他談到一個代號D6的軍事設施，據說那裡有能擊敗“黑怪”的武器，但是有關D6的資料在列寧圖書館裡，於是米勒就派人和阿爾焦姆一起去列寧圖書館尋找有關D6的資料。

找到資料後，米勒的人跟阿爾焦姆一起進入D6，修復了裡面的能量供應，最後跟阿爾焦姆一起登上奧斯坦基諾電視塔頂端，安放鐳射定位儀，指引導彈摧毀了“黑怪”的老巢——這是普通結局。

完美結局是：阿爾焦姆在最後終於理解了“黑怪”，瞭解到“黑怪”其實並不想與人類為敵，於是打壞了鐳射定位儀，讓“黑怪”免於覆沒。