為深入劇中角色，賈延鵬在休息時間透過上網瞭解相關的軍事知識。為了保證拍攝安全順利進行，演員們在拍攝之前一週就深入到部隊體驗生活，學習各種裝備的操作技巧。該劇拍攝中運用大量真槍實彈，演員們需要在槍林彈雨中跑炸彈說臺詞。

2007年，《絕密543》的劇本創意得到外交部和國臺辦的批准，此後，空軍政治工作部電視藝術中心又花費十年的時間實地採訪、精心打磨。2014年9月，該劇順利殺青。 該劇三個多月的拍攝時間裡輾轉多地取景。在製作上為了更真實地展現空軍地空導彈部隊的訓練和戰鬥場景，空軍部隊出動上千導彈車次和上萬人次配合拍攝，力求最大程度地還原壯闊宏大的戰鬥場面。不僅收穫較好的收視率，而且得到良好的反饋。

　　劇中一號首長，原型劉亞樓，中國空軍首任司令員，開國上將，曾任東北野戰軍(後稱四野)參謀長，能擔任林彪的參謀長可見他的軍事指揮才能。林彪對劉亞樓有兩個破例，一是林彪打破不出門迎人的常規，親自“屈駕”出迎，握著劉亞樓的手說："你來了就好，頂我三個參謀長"。二是林彪打破不出去探人的先例，親自到上海探望病中的劉亞樓，坐在病床邊深深嘆息，還留下幾張京劇唱片。可見，林總對劉亞樓的器重。實際上，劉亞樓的軍事才幹極其卓越，在長征時就任紅一軍團一師師長，抗戰時留蘇8年，錯過最佳建功立業時機，這也直接導致他在1955年評銜時僅被授予上將。留蘇時，斯大林對他的軍事才能青睞有加，想讓他加入蘇籍，遭到劉亞樓拒絕。在林彪受傷赴蘇治療期間，兩人多次交談看法，曾成功預言出德軍進攻蘇聯路線，可惜未被斯大林採納。劉亞樓回國後任參謀長，毛主席給四野發電報直呼“林羅劉”。在四野部隊，林彪負責重大策略，羅榮桓負責部隊政工，而劉亞樓具體落實。