其實在宋武帝劉裕之前，後朝對前朝皇室都還說的過去。

秦滅六國，對六國的王室主要是集中居住，然後監視。劉邦入關中，也沒有殺秦三世子嬰，只是子嬰後來被項羽殺了。曹丕篡漢，封劉協為山陽公，曹魏都沒了，山陽公還在傳承。司馬代魏，封曹奐為陳留王，有說法陳留國一隻傳承到南齊，比晉朝還久。

但是，從劉裕開始，這種傳統被打破了，之後的王朝對前朝皇室基本就是斬草除根！

至於原因，秦、魏、晉都是貴族或者士族取得政權，可能都保持著風度，遵守著周禮。周朝就有封夏朝和商朝後人的先例。就比如春秋時的宋，就是商的後裔，周非常大方，封的是公爵。這在學術上好像叫做二賓三恪。而劉邦則因為，項羽殺子嬰的時候自己還說不上話。但劉邦對項氏也是很優厚的。

劉裕之所以大肆屠戮晉皇室，可能因為，取得皇位時，劉裕已經年紀很大了，同時劉裕出身太低微，沒有家族勢力的支援，擔心自己死後子孫無法控制局面。但這卻開了個血腥的先河，以後的歷史將不斷的上演“奈何生在帝王家！”

禮崩樂壞，人心不古，亡國之君的待遇發生千變萬化是從南朝劉宋的劉裕開始，在此之前亡國之君基本都善終，在此之後正如胡三省所評：“自是之後，禪讓之君，罕得全矣”。題主的提問答案大概如下:

一切的根源就在於五胡亂華以及東晉十六國這段時期的混亂，東晉十六國之前的漢、魏晉在禮儀教化之下還保持著最基本的風度，對上天、對民意懷著一絲敬畏之心，當時掌握話語權的人物基本上都是透過察舉制選舉出來的（察舉制選人的標準大概就是舉賢良方正能直言極諫者，一句話品行德行不錯的人）。而在之後經歷過百十年的動亂，生死都存在問題，胡化的影響、禮儀教化的缺失導致這批人才斷層。

之後的繼任者劉裕更是貧苦出身，對人才，對制度並沒有過多的重視，再加上劉裕晚年得子，自己病重之時，兒子還不能獨當一面，為了避免不必要的麻煩，就對前朝皇室大開殺戒，結果引的後世朝代紛紛效仿。