細菌和真菌的名稱中均有一個“菌”字，同屬微生物，但兩者在生物型別、結構、大小、增殖方式和名稱上卻有著諸多不同:

A.生物型別的不同，

細菌沒有核膜包圍形成的細胞核，屬於原核生物；

真菌有核膜包圍形成的細胞核，屬於真核生物。

細菌全部是由單個細胞構成，為單細胞型生物；

真菌既有由單個細胞構成的單細胞型生物（如酵母菌），也有由多個細胞構成的多細胞型生物（如食用菌、黴菌等）。

B.細胞結構不同，

細菌和真菌都具有細胞結構，屬於細胞型生物，在它們的細胞結構中都具有細胞壁、細胞膜、細胞質，但卻存在諸多不同，具體表現在：

一是細胞壁的成分不同：細菌細胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細胞壁的主要成分是幾丁質。二是細胞質中的細胞器組成不同：細菌只有核糖體一種細胞器；而真菌除具有核糖體外，還有內質網、高爾基體、線粒體、中心體等多種細胞器。

三是細菌沒有成形的細胞核，只有擬核；真菌具有。

四是細菌沒有染色體，其DNA分子單獨存在；真菌細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體（染色質）。

C.細胞大小不同，

原核細胞一般較小，直徑一般為1μm~10μm；

真核細胞較大，直徑一般為10μm~100μm。

D.增殖方式不同，細菌是原核生物，為單細胞型生物，透過細胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌為真核生物，細胞的增殖主要透過有絲分裂進行，因真菌種類的不同其個體增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。

E.名稱組成不同，儘管在細菌和真菌的名稱中都有一個菌字，但細菌的名稱中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述細菌形態的字眼，只有乳酸菌例外（實為乳酸桿菌）；而真菌名稱中則不含有。