《名偵探柯南》中，身為小學生的柯南原本是一名比較有名的高中生名偵探，原名叫作工藤新一，在當時的人們眼裡，工藤新一被看作是是90年代的“夏洛克”和“福爾摩斯”，甚至被說成是日本警察的“救世主”,他擁有極高的推理水平和聰明的頭腦，是一個天賦異稟的偵探天才，然而就是這麼一個集萬千寵愛於一身的偵探天才在一次意外中身體變小，成為了一個只有7歲的小學生柯南。 在第一集的時候，工藤新一的身體就變小了，事情的經過是這樣的，工藤新一和毛利小五郎的女兒小蘭一起去遊樂園約會，在他們一起散步的過程中，新一無意間看到一個可疑的黑衣人慌慌張張跑進黑暗的房子後面，於是，新一讓小蘭先回去，他自己就開始跟蹤那個黑衣人，竟然發現房子後面還有一個黑衣人，這兩個人正在進行非法的交易，那個光頭黑衣人捧著一箱錢，神色比較慌張，原來他們交易的是光頭黑衣人公司走私槍械的證據底片。 當新一正在觀察那兩個黑衣人的舉動時，卻沒有發現此時還有另外一個黑衣人正在慢慢接近他，並在新一沒有任何防備的時候，把新一打暈了。隨後，一名黑衣人想一槍打掉新一，但被另一名黑衣人阻止，這名黑衣人從懷裡拿出一個藥盒子，藥盒子裡有好幾粒膠囊狀的藥品，這種藥品是他們組織裡面新開發的毒藥APTX4869，黑衣人想拿新一做人體實驗，就給新一服了這種毒藥，餵了毒藥以後，新一感覺到自己的身體好熱，感覺骨頭好像快要融化了，隨後，新一有一次暈過去了。 後來新一被遊樂場的值班保安發現了，當新一醒來以後，驚奇地發現自己已經變成了小孩，不僅身體變成了小孩，而且聲音也是小孩的聲音，隨後他就跑到博士那裡去了，把一切事情的經過都告訴了博士。