生產上一般將浸種和消毒結合進行，主要方法有：（1）溫湯浸種：先將種穀在冷水中浸24小時，然後在40～45℃的溫水中浸5分鐘，再移入54℃的溫水中浸10分鐘，以後將水溫保持在15℃左右浸至吸水達飽和。溫湯浸種可以殺死稻瘟病、惡苗病、幹尖線蟲病等病菌。（2）石灰水浸種：其殺菌的原理是石灰水與二氧化碳接觸而在水中形成碳酸鈣結晶薄膜，隔絕了空氣，從而使種子上吸水萌發的病菌得不到空氣而悶死。方法是50千克水加入0.5千克生石灰。先將石灰化開過濾，然後把種子放入石灰水內，水面應高出種子17～20釐米。在浸種過程中，注意不要攪動，以免弄破石灰水錶面薄膜導致空氣進入而影響殺菌效果。浸種時間因氣溫不同而有異。（3）主要藥劑浸種：強氯精浸種：強氯精300倍液浸種，先用清水預浸12小時，後用藥水浸12小時，然後用清水洗淨，再用清水浸至吸水達飽和。401浸種：401是一種抗菌劑，以1∶500～1000倍的401稀釋液浸種2天，既能殺死稻瘟病和惡苗病的病菌，又能促進種子發芽。但注意401藥劑對面板有強烈的刺激性，操作時應特別小心，401不能用鐵器配藥，否則藥劑會分解失效。福爾馬林浸種：用福爾馬林（即40%甲醛）0.5千克加水25千克配成50倍稀釋液。先將種穀用清水預浸1～2天，再在稀釋液中浸3小時，浸後用清水洗淨，再用清水浸至吸水達飽和。三環唑浸種：用20%的三環唑可溼性粉劑400克，加水50千克，配成0.16%的藥液，浸種48小時，或用75%三環唑可溼性粉劑配成500倍液，浸種48小時後再催芽，對防治稻瘟病效果明顯。專用浸種劑浸種：目前一些科研單位已研製出多種水稻浸種劑，一般這些浸種劑均是多功能的，既有消毒殺菌的功效，又有壯根健苗的作用，使用時應根據生產廠家的說明嚴格浸種時間、濃度等。