質粒DNA酶切不完全的可能原因：質粒的量以及酶切時間都會有影響。質粒濃度過大，建議放大酶切體系，減少質粒濃度。可能是由於加的限制性內切酶的量不夠。酶切的時間不充足。質粒DNA的質量。限制性內切酶的活性。質粒DNA酶切原理：限制性內切酶（restrictionendonuclease）:一種在特殊核甘酸序列處水解雙鏈DNA的內切酶。 限制性內切酶能特異性地結合於一段被稱為限制性酶識別序列的DNA序列之內或其附近的特異性位點上，並切割雙鏈DNA。生物體內能識別並切割特異的雙鏈DNA序列的一種內切核酸酶。它是可以將外來的DNA切斷的酶，即能夠限制異源DNA的侵入並使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護細胞原有的遺傳資訊。由於這種切割作用是在DNA分子內部進行的，故名限制性內切酶。DNA連線酶是1967年在三個實驗室同時發現的。它是一種封閉DNA鏈上缺口酶，藉助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA鏈的5"-PO4與另一DNA鏈的3"-OH生成磷酸二酯鍵。但這兩條鏈必須是與同一條互補鏈配對結合的(T4DNA連線酶除外)，而且必須是兩條緊鄰DNA鏈才能被DNA連線酶催化成磷酸二酯鍵。 常用的DNA連線酶有兩種：來自大腸桿菌的DNA連線酶和來自噬菌體的T4DNA連線酶。二者的作用機理類似。

質粒DNA酶切不完全，可能是你使用的試劑盒的原因也可能還有酶切的原因。第一、抽的質粒溶在什麼溶液裡？如果TE中EDTA的濃度高，會影響酶切第二、，酶切時有幾個關鍵因素，比如酶切體系，DNA的量，酶切時間等，酶量有時過高也不好，裡面的甘油會影響酶切反應。另外，你可以先切一到兩個小時，再補加一點酶，這樣效果比你一次加進很多酶都好。你可以用自己配的試劑抽提看看，我們最近用自己配的試劑抽提質粒，效果很好，雜質很少，而且濃度還挺高，又經濟實惠。