蒙古衰落的首要原因在於人口劣勢：同屬華人民相比他們人數太少，並且不太開化。正如普希金所說的那樣，蒙古人是“不懂亞里士多德和代數的阿拉伯人”。因此，他們一旦從馬上下來居住在被征服地區就很容易被同化。在這方面，蒙古人與阿拉伯人迥然不同，阿拉伯人擁有自己的語言和宗教信仰，這一語言和信仰為其屬華人民所樂於採用，並稱為帝國統一的強有力的紐帶。蒙古人在文化上遠沒有阿拉伯人先進，因而絲毫不具備這種優勢。而且蒙古人還採用了比他們更先進的屬國的語言、宗教信仰和文化，從而喪失了自己的特點。這就是其帝國創立後不久即告崩潰的根本原因。

這一點從忽必烈將首都從哈拉和林遷至大都也能夠一定程度上反映出。忽必烈在漢人設計的宮殿裡進行統治，舉行復雜的儒教儀式，建立新的孔廟，因此他也必將演化成為漢式的皇帝。

蒙古帝國的衰落不僅是由於文化上受到同化，也有王朝內部的鬥爭。最初，忽必烈的弟弟阿里不哥曾與他爭奪大汗之位，經過四年的鬥爭忽必烈才取得勝利。後來，控制著突厥斯坦的堂弟海都也和他爭位，引發了長達40年的內戰，最後以雙方相持不下而告終。

馬可波羅預見到了蒙古帝國的衰落。在他的旅行所做的敘述中，馬可波羅對於蒙古人被其所征服的臣民所同化的情形做了以下重要的分析：

“我所告訴你們的一切有關真正的蒙古人的行為和習俗都是真實的。但是我也必須提出，現在他們已經極大地退化了；因為他們中居住在中國的人已經採納了這個國家的偶像崇拜儀式，而荒廢了自己的制度；而那些居住在黎凡特的人則接受了撒拉森人的風俗。”