BOSS 1 —— Arachnus X ,打倒BOSS後恢復變形球能力
BOSS 2 —— Elephant Bird X,恢復了光束槍的蓄力能力（按住B鍵蓄力，鬆開後發射，蓄滿之後旋轉跳躍帶有攻擊力）
BOSS 3 —— Giant Plant X ,打敗BOSS後恢復了高跳的能力（可以跳得更高，變成球的時候也可以跳起來）
BOSS 4 —— Serris X ,恢復了加速跑能力（持續按住方向鍵的←或→鍵，薩姆絲不中斷地跑動一段距離之後進入高速奔跑狀態）
BOSS 5 —— B.O.X. Security Robot
BOSS 6 —— Giant Core-X .（強化裝甲能力恢復，可以抵禦極限溫度）
BOSS 7 —— Beam Core-X ,打敗它之後恢復寬光束能力（光束範圍大大加寬）
BOSS 8 —— Yakuza ,擊破後恢復空間跳躍能力（旋轉跳躍下落過程中再按A鍵）
BOSS 9 —— Nettori ,擊破後恢復等離子光束能力（光束可以穿過普通敵人）
BOSS 10 —— Nightmare X ,取得了重力裝備（可以在水中自由行動）
BOSS 11 —— B.O.X. Security Robot X ,擊敗安全機器人後薩姆絲恢復了音波光束的能力
BOSS 12 —— Ridley X ,擊敗後恢復旋轉攻擊能力
BOSS 13 —— SA-X
FINAL BOSS —— Omega Metroid
BOSS 1 —— Arachnus X ,打倒BOSS後恢復變形球能力
BOSS 2 —— Elephant Bird X,恢復了光束槍的蓄力能力（按住B鍵蓄力，鬆開後發射，蓄滿之後旋轉跳躍帶有攻擊力）
BOSS 3 —— Giant Plant X ,打敗BOSS後恢復了高跳的能力（可以跳得更高，變成球的時候也可以跳起來）
BOSS 4 —— Serris X ,恢復了加速跑能力（持續按住方向鍵的←或→鍵，薩姆絲不中斷地跑動一段距離之後進入高速奔跑狀態）
BOSS 5 —— B.O.X. Security Robot
BOSS 6 —— Giant Core-X .（強化裝甲能力恢復，可以抵禦極限溫度）
BOSS 7 —— Beam Core-X ,打敗它之後恢復寬光束能力（光束範圍大大加寬）
BOSS 8 —— Yakuza ,擊破後恢復空間跳躍能力（旋轉跳躍下落過程中再按A鍵）
BOSS 9 —— Nettori ,擊破後恢復等離子光束能力（光束可以穿過普通敵人）
BOSS 10 —— Nightmare X ,取得了重力裝備（可以在水中自由行動）
BOSS 11 —— B.O.X. Security Robot X ,擊敗安全機器人後薩姆絲恢復了音波光束的能力
BOSS 12 —— Ridley X ,擊敗後恢復旋轉攻擊能力
BOSS 13 —— SA-X
FINAL BOSS —— Omega Metroid