酸法水解：(通常以5-10倍的20%HCl煮沸迴流16h-20h，或加壓於120攝氏度水解12h,可將蛋白質水解成氨基酸）優點：水解徹底，水解的最終產物是L-氨基酸，沒有旋光異構體的產生。缺點：營養價值較高的色氨酸幾乎全部被破環，而與含醛基的化合物（如糖）作用生成一種黑色物質，稱為腐黑質，因此水解液呈黑色。此外，含羥基的絲氨酸、蘇氨酸、洛氨酸也有部分被破壞。此法常用於蛋白質的分析與製備。鹼法水解：（可用6摩爾每升NaOH或4摩爾每升氫氧化鋇煮沸6小時即可完全水解得到氨基酸。優點：色氨酸不被破壞，水解液清亮。缺點：水解產生的氨基酸發生旋光異構作用，產物有D-型和L-型兩類氨基酸。D-型氨基酸不能被人體分解利用，因而營養價值減半；此外，絲氨酸、蘇氨酸、賴氨酸、胱氨酸等大部分被破壞，因此鹼水解法一般很少使用。蛋白酶法水解，優點：條件溫和，常溫（36-60攝氏度)\常壓和PH值在2-8時，氨基酸完全不被破壞，不發生旋光異構現象。缺點：水解不徹底，中間產物較多。根據水解的程度分（蛋白質--膘--腖--多肽--二肽--氨基酸）蛋白質煮沸時可凝固，而膘、腖、肽均不能：蛋白質和膘可被飽和的硫酸銨和硫酸鋅沉澱，而腖以下的產物均不能；腖可被磷鎢酸等複鹽沉澱，而肽類及氨基酸均不能，藉此可將產物分開。