區別如下：

1、用途不同： 一般存款賬戶：主要用於存款人借款轉存、借款歸還和其他結算的資金收付。 專用存款賬戶:存款人按照法律、行政法規和規章，對其特定用途資金進行專項管理和使用而開立的銀行結算賬戶。

2、規定不同： 一般存款賬戶不能在存款人基本存款賬戶的開戶銀行（指同一營業機構）開立。 專用賬戶特殊規定： （1）“單位銀行卡賬戶”的資金必須由基本存款賬戶轉入，該賬戶不得辦理現金收付業； （2）“財政預算外資金、證券交易結算資金、期貨交易保證金和信託基金”專用存款賬戶，不得支取現金。

3、範圍不同： 一般賬戶：存款人因借款或其他結算需要，在基本存款賬戶開戶銀行以外的銀行營業機構開立的銀行結算賬戶。 專用賬戶： 適用範圍： （1）基本建設資金； （2）更新改造資金； （3）財政預算外資金； （4）糧、棉、油收購資金； （5）證券交易結算資金； （6）期貨交易保證金； （7）信託基金； （8）金融機構存放同業資金； （9）政策性房地產開發資金； （10）單位銀行卡備用金； （11）住房基金； （12）社會保障基金； （13）收入匯繳資金和業務支出資金； （14）黨、團、工會設在單位的組織機構經費； （15）其他需要專項管理和使用的資金。

合格境外機構投資者在境內從事證券投資開立的人民幣特殊賬戶和人民幣結算資金賬戶，簡稱“QFII專用存款賬戶”開立人民幣特殊賬戶時應出具國家外匯管理部門的批覆檔案，開立人民幣結算資金賬戶時應出具證券管理部門的證券投資業務許可證。 QFII是“Qualified Foreign Institutional Investors ”的簡寫，即“合格的境外機構投資者”的簡稱，“QFII專用存款帳戶”也就是境外合格投資機構在中國境內投資股票市場開設的專用賬戶，該賬戶只能進行股票等的買賣，不可以存取現金。