操作流程如下：

1、測序文庫的構建

首先準備基因組，然後將DNA隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段，並在兩頭加上特定的接頭。如果是轉錄組測序，則文庫的構建要相對麻煩些，RNA片段化之後需反轉成cDNA，然後加上接頭，或者先將RNA反轉成cDNA，然後再片段化並加上接頭。

2、錨定橋接

Solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行，flow cell又被細分成8個Lane，每個Lane的內表面有無數的被固定的單鏈接頭。上述步驟得到的帶接頭的DNA 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構，以供後續的預擴增使用。

3、預擴增

新增未標記的dNTP 和普通Taq 酶進行固相橋式PCR 擴增，單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。透過變性，釋放出互補的單鏈，錨定到附近的固相表面。透過不斷迴圈，將會在Flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。

4、單鹼基延伸測序

在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dNTP 、DNA聚合酶以及接頭引物進行擴增，在每一個測序簇延伸互補鏈時，每加入一個被熒游標記的dNTP就能釋放出相對應的熒光，測序儀透過捕獲熒光訊號，並透過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰，從而獲得待測片段的序列資訊。

5、資料分析

這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分，但是隻有透過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列，要透過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的Contigs甚至是整個基因組的框架，或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上，並進一步分析得到有生物學意義的結果。