染色法分化學染色法和熒光染色法，根據染色機理的不同，染料或使死細胞著色，或使活細胞著色。死活細胞在生理機能和性質上的差異主要包括：
死活細胞細胞膜通透性的差異：活細胞的細胞膜是一種選擇性膜，對細胞起保護和屏障作用，只允許物質選擇性的透過；而細胞死亡之後，細胞膜受損，通透性增加。常用的以臺盼藍鑑別細胞死活的方法就是利用了這一性質。臺盼藍，又稱錐藍，是一種陰離子型染料，不能透過完整的細胞膜。所以經臺盼藍染色後只能使死細胞著色，而活細胞不被著色。甲基藍有類似的染色機理。植物細胞的質壁分離也可鑑定死活。
死活細胞在代謝上的差異：是採用美藍染料鑑定酵母細胞死活的依據。美藍是一種無毒染料，氧化型為藍色，還原型為無色。由於活細胞中新陳代謝的作用，使細胞內具有較強的還原能力，能使美藍從藍色的氧化性變為無色的還原型，因此美藍染色後活的酵母細胞無色；而死細胞或代謝緩慢的老細胞，則因它們的無還原能力或還原能力極弱，使美藍處於氧化態，從而被染成藍色或淡藍色。
熒光素雙醋酸酯（FDA）是一種常用的培養動植物細胞以及植物細胞原生質體的生活力鑑定染料，其染色機理也利用了死活細胞在代謝上的差異：FDA本身不產生熒光，也無極性，能自由滲透出入完整的細胞膜。當FDA進入活細胞後，被細胞內的脂酶分解，生成有極性的、能產生熒光的物質——熒光素，該物質不能自由透過活的細胞膜，積累在細胞膜內，因而使有活力的細胞產生綠色熒光；而無活力的細胞因不能使FDA分解，而無法產生熒光。
除此之外，還有一些細胞器的專有染料。如液泡系的專有染料中性紅。中性紅是一種低毒性染料，可以使活細胞液泡著紅色，而細胞質和細胞核不被著色；死細胞的液泡不被著色或淺染，染料彌散於整個細胞中，細胞核和細胞質被染成紅色。有時侯為了增加染色效果可以將兩種染料結合使用，如甲基藍-中性紅混合染色法。
染色法分化學染色法和熒光染色法，根據染色機理的不同，染料或使死細胞著色，或使活細胞著色。死活細胞在生理機能和性質上的差異主要包括：
死活細胞細胞膜通透性的差異：活細胞的細胞膜是一種選擇性膜，對細胞起保護和屏障作用，只允許物質選擇性的透過；而細胞死亡之後，細胞膜受損，通透性增加。常用的以臺盼藍鑑別細胞死活的方法就是利用了這一性質。臺盼藍，又稱錐藍，是一種陰離子型染料，不能透過完整的細胞膜。所以經臺盼藍染色後只能使死細胞著色，而活細胞不被著色。甲基藍有類似的染色機理。植物細胞的質壁分離也可鑑定死活。
死活細胞在代謝上的差異：是採用美藍染料鑑定酵母細胞死活的依據。美藍是一種無毒染料，氧化型為藍色，還原型為無色。由於活細胞中新陳代謝的作用，使細胞內具有較強的還原能力，能使美藍從藍色的氧化性變為無色的還原型，因此美藍染色後活的酵母細胞無色；而死細胞或代謝緩慢的老細胞，則因它們的無還原能力或還原能力極弱，使美藍處於氧化態，從而被染成藍色或淡藍色。
熒光素雙醋酸酯（FDA）是一種常用的培養動植物細胞以及植物細胞原生質體的生活力鑑定染料，其染色機理也利用了死活細胞在代謝上的差異：FDA本身不產生熒光，也無極性，能自由滲透出入完整的細胞膜。當FDA進入活細胞後，被細胞內的脂酶分解，生成有極性的、能產生熒光的物質——熒光素，該物質不能自由透過活的細胞膜，積累在細胞膜內，因而使有活力的細胞產生綠色熒光；而無活力的細胞因不能使FDA分解，而無法產生熒光。
除此之外，還有一些細胞器的專有染料。如液泡系的專有染料中性紅。中性紅是一種低毒性染料，可以使活細胞液泡著紅色，而細胞質和細胞核不被著色；死細胞的液泡不被著色或淺染，染料彌散於整個細胞中，細胞核和細胞質被染成紅色。有時侯為了增加染色效果可以將兩種染料結合使用，如甲基藍-中性紅混合染色法。