生物工程和生物製藥在於兩者的研究方向不同。生物工程主要是從事利用生物進行研究包括生物材料、人工器官、製藥工程等；生物製藥利用生物技術來製備生物制（藥）品及相關生物的藥用價值的研究。從就業前景來看，兩者都不太樂觀，真正對口的單位企業很少，尤其是生物工程，太泛太籠統，好像什麼都學其實什麼都沒學一樣。

生物工程專業和製藥工程專業的區別

培養方向不同

A 生物工程，本專業培養德智體美全面發展，適應市場經濟體制和改革開放需要，掌握現代生物工程技術及其產業化科學原理、工藝過程和工程設計等基本理論，基本技能，能在保健品、製藥等領域從事生產、產品技術研究開發、質量檢測和企業管理的高階應用型技術人才

B 製藥工程：本專業培養具備製藥工程方面的知識，能在醫藥、農藥、精細化工：和生物化工等部門從事醫藥產品的生產、科技開發、應用研究和經營管理等方面的高階工程技術人才。

就業方向

A 生物工程：本專業學生畢業後可適宜於醫藥、食品、環保、商檢等部門中生物產品的技術開發、工程設計、生產管理及產品效能檢測分析等工作及教學部門的研究與教學工作

B製藥工程：本專業學生畢業後可從事醫藥產品的生產、科技開發、應用研究和經營管理等方面工作。

從上文可以看出，生物工程專業學習的比較廣，可以從事食品和藥品的研發工作，製藥工程主要就是針對醫藥類。但是醫藥類行業是鑽研的很深的專業，所以在醫藥口上，製藥工程專業就業更好些。