傳染病的預防從以下三方面進行管理。第一個，管理傳染源。早期發現傳染源，進行管理。第二個，切斷傳播途徑。就是對於各種傳染病，尤其消化道傳染病、蟲媒傳染病和寄生蟲病，切斷傳播途徑，通常是起主導作用的預防措施。其主要措施包括隔離和消毒。隔離一般分為嚴密隔離，主要是對強烈性傳染病，傳染性強、病死率高的傳染病，像鼠疫和霍亂、狂犬病等。2、呼吸道隔離。3、消化道隔離。4、血液及體液的隔離。5.接觸隔離。6、昆蟲隔離。7、保護性隔離。消毒是切斷傳染病傳播途徑的重要措施。第三個，保護易感者，保護易感人群的措施，包括特性和非特性兩方面。非特性保護是易感人群，措施包括，改善營養、鍛鍊身體、提高生活水準等，可提高機體的非特異性免疫力。在傳染病流行期間，應保護好易感人群，避免與患者接觸。特性保護是特異性保護易感人群的措施，是指採取有重點有計劃的預防接種，提高人群的特性免疫水平。

疾病的防治，必須在“無病先防，有病早治，防重於治”的原則下進行：

①應控制和消滅病原體，切斷傳播途徑，推行貝類健康養殖技術，包括使用無病原汙染的水源和藻種，強化疾病檢疫，建立隔離制度，加強養殖區的環境預測，預報赤潮的發生。

②改善和最佳化養殖環境，倡導“潔淨生產”和“可持續發展”，合理放養是對養殖環境的一種最佳化，多品種多元化養殖能促進生態平衡，提高單位養殖水體的效益，並能起到預防傳染性流行病暴發的作用，輪養也是防止大規模病害發生的主要途徑之一。

③提高養殖種群和養殖群體對疾病的抵抗能力。研究野生及養殖群體的遺傳變異，分析養殖群體可能存在的近交衰退、遺傳多樣性降低等對群體種質資源造成的不利影響；④養殖種類復壯育種，透過人工選擇，復壯提純培育出生長快、抗逆性強的品種，開展雜交及引種工作。