代謝通路：目前在通路資料庫(PATHWAY database) 中代謝通路是建立得最好的，有大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或EC號組成的網路。利用如下方法可透過計算機構建出生物體特有 的代謝通路：先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。然後合理地安排EC號。最後將基因組中的基因和參照通路中用EC號編號的基因產物 結合起來。

基因調控訊號通路的研究我們做過很多，常見的訊號通路基本都做過，這裡邊的思路基本都是一致的，下面分別給你介紹下。

兩個思路，第一個是上調目的基因的表達，觀察某訊號通路標誌指標的表達情況。第二個是下調目的基因的表達，觀察某訊號通路標誌指標的表達情況。

上調目的基因的方法中，如果針對的是蛋白基因，就轉入質粒，加強該蛋白的表達；如果是RNA，那就用mimic的方法，直接轉入外源合成的RNA。然後檢測訊號通路上各指標的表達變化。如果訊號通路指標上升，則你的目的基因可能可以啟用該訊號通路；如果訊號通路指標下降，則說明你的目的基因可以抑制該訊號通路；如果沒有變化，則說明你的目的基因對該訊號通路沒有作用。

如果做基因對訊號通路的影響，最好探尋一下訊號通路對細胞或者個體的影響，比如細胞增殖，細胞活性，細胞衰老等影響。這樣做下去才是一個完成的過程，如果能找到訊號通路最後影響的基因那是最好的，就可以發表一個不錯的文論了。

做科研是很辛苦的，辛苦後如果有滿意的結果還好，如果做到後來才發現走不通那就很難受，所以我建議在做這種課題的時候一定要廣泛看文獻，在相關網站做好預測工作，這樣可以避免很多問題。