耳針在臨床治療的疾病很廣，不僅用於治療許多功能性疾病，而且對一部分器質性疾病，也有一定療故。其適應證舉例如下：

1.各種疼痛性疾病

如對頭痛、偏頭痛、三叉神經痛，肋間神經痛、帶狀皰疹、坐骨神絡痛等神經性疼痛；扭傷、挫傷、落枕等外傷性疼痛；五官、顱腦、胸腹、四肢各種外科手術後所產生的傷口痛；麻醉後的頭痛、腰痛等手術後遺痛，均有較好的止痛作用。

2.各種炎症性病症

如對急性結合膜炎、中耳炎、牙周炎、咽喉炎、扁桃體炎、腮腺炎、氣管炎、腸炎、盆腔炎、風溼性關節炎、面神經炎、末梢神經炎等，有一定的消炎止痛功效。

3.一些功能紊亂性病症

如對眩暈症、心律不齊、高血壓、多汗症、腸功能紊亂、月經不調、遺尿、神經衰弱、癔症等，具有良性調整作用，促進病症的緩解和痊癒。

4.過敏與變態反應性病症

如對、哮喘、過敏性結腸炎、蕁麻疹等，能消炎、脫敏、改善免疫功能。

5.內分泌代謝性病症

如對單純性甲狀腺腫、甲狀腺功能亢進、經絕期綜合徵等，有改善症狀、減少藥量等輔助治療作用。

6.部分傳染病症

如對菌痢、瘧疾、青年扁平疣等，有恢復和提高機體的兔疫防禦功能，加速疾病的治癒。

7.各種慢性病症

如對腰腿痛、肩周炎、消化不良、肢體麻木等，有改善症狀、減輕痛苦的作用。耳針除上述病症外，還可用於針刺麻醉中（耳針麻醉）。也可用於婦產科方面，如催產、催乳等。也能用於預防感冒、暈車、暈船，以及預防和處理輸血、輸液反應。還可用於戒菸、減肥，國外還用於戒毒等。