如果你是兩張機票分開買的：

第一段正常坐，落地後取行李然後找到最近的轉機值機櫃臺，從新值機，如果不可以的話聽第中專值機櫃臺或者其他地勤安排，應該是出去上樓然後值機出海關。

如果是一張票轉機的話第一個值機櫃臺會告訴你怎麼做。

轉國外的話建議給自己留出2-3小時以上的時間才不會趕，如果是分開買建議留出3個小時以上來應對第一版晚點後後邊一班飛機只能作廢或者價錢改簽的情況。

（2小時機場內轉機，3小時要出門回樓上值機，這個是最低限）

如果是聯程機票第一段耽誤了第二段會給你都安排好的。

這個跟你轉機在哪個國家有關。

首先航空公司有責任保證航班的所有旅客有進入最終目的地國家的通行檔案，所以比如你要去南韓，則不管你在哪轉機，你上飛機之前都要有到南韓的簽證，如果你到達南韓的時候被發現沒有簽證，則航空公司會被罰款。這一點在中國是由各個機場海關的出關櫃檯控制的，在外國一般都是航空公司自行控制。

如果有轉機的話，要看轉機國是否需要轉機簽證。現在還有很多國家規定在其境內機場轉機要提前辦理轉機簽證，比如英國。同樣，這個也是航空公司的責任。日本不需要轉機簽證，所以如果像你所說的上海-東京-南韓的話，如果你有南韓簽證，則不需要任何其他證件就可以在日本轉機，但是由於你沒有日本簽證，所以不能在日本入關。（入關是指透過海關進入該國境內，所以你的問題實際上問返了，出關是指離境，所以你是在中國出關，然後到南韓入關）

對於你的後面一個問題，航空公司如果能這麼出票，而且兩票還是聯程的話，則在你沒有日本簽證的情況下也可以登機，因為你有到達最終目的地的有效通行證件（中國護照）。只是實際操作中航空公司不會賣這樣的票。