主要原因還是因為齊秦。

兩人在2000年左右開始籌備婚事，在洛杉磯和臺灣各買了一套婚房，雙方的父母也開始以“親家”相稱。這段長達十幾年的愛情長跑，似乎就要圓滿的收尾了。可在2001年，齊秦前女友方美芳的出現讓兩人的結局走向了完全不一樣的方向。

她帶著她與齊秦的孩子控訴王祖賢與齊秦，並狀告齊秦要求賠付她1500萬臺幣。原來，當時齊秦還在服兵役的時候，結識了當時在夜店跳舞的方美芳，正值妙齡的方美芳成功地吸引了齊秦，但因後來知道方美芳的身份是夜店風塵女，齊秦提出分手。這段戀情本該告終，但幾個月後方美芳告訴齊秦她有了身孕，孩子被方美芳留了下來，期間齊秦一直擔負著母子倆的生活費。

王祖賢在齊秦不知情的情況下宣佈退出演藝圈，並去國外留學。在兩人分手之後，齊秦再一次採訪中說道“光陰曆歷在目，點點滴滴都是幸福，對我來說已經非常足夠，因為她把她最寶貴的青春鬥放在了我身上。”王祖賢在後來也接受訪問，不過和齊秦不同，王祖賢似乎被這段感情傷害得非常的深，她直言道“我的字典裡沒有結婚兩個字。”

時至今日，依舊有網友在加拿大看見王祖賢，有時看見她在社群做義工，有時看見她在打折鞋店試鞋，有時看見她在菜市場買菜，過著平淡如水的生活。但是她當年自信耀眼的風采已然不在，眼神裡還時常帶著憂傷，看來過往那些不了了之的戀情傷害王祖賢真的很深。