1、裸子植物的表面是裸露的，沒有果皮包被，例如銀杉、水杉等，而被子植物是有果皮包被的，例如我們常吃的蘋果、水蜜桃等。

2、被子植物在形態上具有不同於裸子植物所具有的孢子葉球的花；胚珠被包藏於閉合的子房內，由子房發育成果實。

3、被子植物的種子生在果實裡面，除了當果實成熟後裂開時，它的種子是不外露的，如蘋果、大豆即被子植物。裸子植物則不同，它沒有果實這一構造。它的種子僅僅被一鱗片覆蓋起來，決不會把種子緊密地包被起來。在馬尾松的枝條上，會結出許多紅棕色尖卵形的松球。

4、被子植物的主要特徵是：具有根、莖、葉、花、果實、種子六種器官，種子不裸露，外面有果皮包被；裸子植物的主要特徵是：具有發達的根、莖、葉，種子裸露，沒有果皮包被，裸子植物沒有花、果實這兩個器官。

被子植物和裸子植物的主要主要區別在是否有果皮包裹。

1.被子植物的種子是有果皮包裹。例如我們常吃的蘋果、花生、葡萄和香蕉等。

2.裸子植物的表面是直接裸露的，沒有果皮包裹。它的種子僅僅被一鱗片覆蓋起來，決不會把種子緊密地包被起來。例如銀杉、水杉等。

3. 被子植物具有根、莖、葉、花、果實、種子六種器官。

4. 裸子植物只有根、莖、葉和種子，沒有花、果實這兩個器官。