在傳統的克朗奎斯特分類法中，單子葉植物被稱做“百合綱”，和雙子葉植物的木蘭綱並立，認為單子葉植物是由已絕滅的原始雙子葉植物中如毛茛類或睡蓮類的祖先演化而來。H．休伯爾認為單子葉植物和毛茛類雙子葉植物是同出於一個自然單位的極端兩翼，而番荔枝科、馬兜鈴科、睡蓮科及胡椒科為兩翼間的紐帶。即休伯爾認為單子葉植物起源是與毛茛類的祖先相關的。而A．克朗奎斯特則認為可作為單子葉植物起源的雙子葉植物，應是草本、形成層活動力弱、有正常花被（即花被不特化）、單孔的花粉、離生心皮及薄片胎座的類群。在現存的雙子葉植物目中，睡蓮目具備此類特殊性，雖它非單子葉植物的直接祖先，但在前單子葉植物的雙子葉植物中，有近似睡蓮目的化石，見於晚白堊世阿爾比期（Albian epoch）。

但後來的研究逐漸讓植物學家認知，單子葉植物實際是由古代的雙子葉植物演化而來，是雙子葉植物的其中一個特化分支，這使傳統的雙子葉植物分類成為一個並系群而不再被視為有效分類。

APG分類法對被子植物的基因研究確定單子葉植物是被子植物分支之下的一個單系群分支，分類有效，並設立了單子葉植物分支，內部分類則有許多變動，包括否定了蘭目這個多系群分類，併成立了天門冬目、薯蕷目等新目。

2003年經過修訂的APG II 分類法也使用這種分類方法，包括傳統分類中所有單子葉植物綱中的植物種類。

APG II 分類法將單子葉植物分支中的植物分為10個目和2個單獨的科， 其中部分目列入鴨跖草分支（一 個基因親緣群體）。

2009年修訂的APG III分類法又將單獨的無葉蓮科（Petrosaviaceae）提升為無葉蓮目（Petrosaviales）。