由於不少小兒脫肛有自愈傾向，所以在治療方面應採取保守療法。當直腸脫出後，家長應及時使其復位，以免脫垂部位充血、水腫給復位帶來困難。讓患兒趴在家長的膝上，家長的手指塗上石蠟或麻油，然後緩慢地將脫出的套腸納入肛門內，然後清潔肛周面板，用吊帶將紗布墊固定於肛門兩側。若脫出時間長，脫出部位充血水腫，復位有困難，家長應立即帶孩子到醫院診治。對多次用保守治療仍有復發的脫肛小兒，直腸旁酒精注射療法有效。手術治療僅限於肛門已鬆弛，保守及注射療法均無效的個別患兒。

肛脫保健預防(一)保持大便通暢，區域性清潔。養成良好定期排便習慣，大便時不宜過久蹲廁、努張，避免腹內壓升高。(二)多食蔬菜、水果，以幫助大便通暢，避免暴飲暴食、嗜食辛辣刺激物等。(三)保持肛門清潔衛生，保持乾燥，便紙要軟，防止擦傷。(四)合理加強鍛鍊，鍛鍊身體，可促進全身氣血流暢和增加腸蠕動，並要多做提肛運動，下蹲時肛門放鬆，站立時用力縮緊肛門，從而增加肌肉緊張力，便後要將臀部夾緊，不要分離，防止脫出，一但脫出要即刻回納，並用多層紗布丁字帶固定，及時臥床休息。(五)情志護理：病人痛苦不堪，思想負擔重，想便又怕脫出，求治心強，幫助病人樹立信心解除思想負擔，讓病人正確對待病情，積極配合治療。(六)中藥燻洗：常用收斂固澀劑燻洗，如苫參東加石榴、枯礬、五倍子中藥煎劑燻洗，也可砒硝沖人開水，先燻後洗，或用毛巾蘸藥汁趁熱敷患處。(七)針刺可以昇陽益氣，增強盆腔肌肉張力，體針、長強、百會、足三里、承山，重度脫垂可加灸。