合理的佈局，是手術室淨化工程高效執行的保障。不合理的佈局，易形成氣體渦流、增加人員移動距離、物品運輸距離，出現各類問題。手術室淨化工程概括有五種手術室淨化典型佈局方式。

中央島型

基於手術感染是以“接觸感染”為主的觀點。由電梯運來的無菌材料，透過中央潔淨廳送入各個手術室。使用後物品，由外廊運出，而且醫生、護士使用的洗手池，也要設定在外廊。

單向流型

手術室淨化嚴格遵守潔、汙分流原則，病人、醫生、無菌物品，都是單向流，不允許逆向流。兩者之間互相徹底不交叉，是解決潔、汙分流的最徹底的佈局方案。但這一類的手術室淨化，隨著手術室數量增多，平面流向和設計將變的相當複雜。

單走廊型

從“汙物不擴散”的觀點出發，手術使用後器材、廢棄物，必須打包後再運出去。需要消毒處理的物品，就地消毒後運出，或返回手術室，該形式的手術室淨化必須帶前室，其功能是在手術前、後，對手術物品進行有效徹底地消毒。

雙走廊型(汙物型)

雙走廊型是手術室淨化最為常用的佈局形式。從“防止交叉感染”著手，關注手術使用後的器材、物品處理，注重消毒。將手術使用後的器材、廢棄物，由外走道送出，其它器材、醫生、病人，則全部由內走道出入。

雙走廊型(清潔型)

該型式的手術室淨化平面佈置，大致和雙走廊型(汙物型)相似，只是手術室術前醫生、器材是清潔的，由潔淨走廊進入。而術後醫生從清潔走廊出去。

五種佈局方式，各有短長，手術室淨化工程中，專家會根據建築佈局、潔淨需要，合理的設計手術室淨化工程的佈局，既能保證淨化手術室的質量，又可節省工程造價。而許多的淨化工程公司由於缺少經驗豐富的技術人員，往往做不到這一點。