一是價格貴，除了燃料電池汽車貴，加氫站貴，氫氣也很貴，目前市場上每公斤高純氫的價格在50塊左右，純度是4個9即99.99%，這種氫含有雜質會導致燃料電池催化劑中毒而出現效能衰退。按西方國家標準，還需要進一步提純到6個9的純度，但這會導致氫氣價格增加到100塊一公斤，相當於汽油價格的12倍，百公里氫氣成本相當於一般汽油車的3倍，除了土豪，一般人肯定開不起這種車的。
二是超純氫氣是透過電解水製取的，雖然化石燃料也能制氫或者工業廢氫，但是純度太低，裡面含有會導致燃料電池催化劑中毒的一氧化碳和硫化氫成分，需要提純到6個9才能作為燃料電池的氫源，這會導致成本太高甚至超過電解水。目前氫能車是將電轉化為氫，再壓縮到幾百大氣壓才能儲存運輸，再將氫轉化為電，三個過程都會白白浪費大量電能，效率肯定比不上直接充電的電動車。從這一點來說氫燃料電池車不可能比電動車更環保。
三是氫的安全性。由於氫還原性強，能將二氧化碳還原成一氧化碳，所以氫能車著火不能用常見的二氧化碳滅火器去滅火，否則會導致一氧化碳中毒，這對現有的消防體系是一個考驗。。另外在地下停車場或自家車庫等封閉半封閉空間如果氫氣洩露，就會積聚在天花板附近或任意空氣不流通的死角，遇到火星就會發生爆轟，比爆炸威力更大，致死率更高。氫能車的專用停車場車庫需要從設計建造就考慮氫的洩放問題。現有的基礎設施對氫能車的支援不夠。
一是價格貴，除了燃料電池汽車貴，加氫站貴，氫氣也很貴，目前市場上每公斤高純氫的價格在50塊左右，純度是4個9即99.99%，這種氫含有雜質會導致燃料電池催化劑中毒而出現效能衰退。按西方國家標準，還需要進一步提純到6個9的純度，但這會導致氫氣價格增加到100塊一公斤，相當於汽油價格的12倍，百公里氫氣成本相當於一般汽油車的3倍，除了土豪，一般人肯定開不起這種車的。
二是超純氫氣是透過電解水製取的，雖然化石燃料也能制氫或者工業廢氫，但是純度太低，裡面含有會導致燃料電池催化劑中毒的一氧化碳和硫化氫成分，需要提純到6個9才能作為燃料電池的氫源，這會導致成本太高甚至超過電解水。目前氫能車是將電轉化為氫，再壓縮到幾百大氣壓才能儲存運輸，再將氫轉化為電，三個過程都會白白浪費大量電能，效率肯定比不上直接充電的電動車。從這一點來說氫燃料電池車不可能比電動車更環保。
三是氫的安全性。由於氫還原性強，能將二氧化碳還原成一氧化碳，所以氫能車著火不能用常見的二氧化碳滅火器去滅火，否則會導致一氧化碳中毒，這對現有的消防體系是一個考驗。。另外在地下停車場或自家車庫等封閉半封閉空間如果氫氣洩露，就會積聚在天花板附近或任意空氣不流通的死角，遇到火星就會發生爆轟，比爆炸威力更大，致死率更高。氫能車的專用停車場車庫需要從設計建造就考慮氫的洩放問題。現有的基礎設施對氫能車的支援不夠。