二者差異主要體現在五個方面：

第一，對內部控制瞭解和測試的目的不同。註冊會計師在財務報告審計中評價內部控制的目的，是為了判斷是否可以相應減少實質性程式的工作量，以及支援財務報告的審計意見型別；在內部控制審計中評價內部控制的目的，則是為了對內部控制本身的有效性發表審計意見。

第二，內部控制測試範圍存在區別。註冊會計師在財務報告審計中，根據成本效益原則可能採取不同的審計策略，對於某些審計領域，可以繞過內部控制測試程式進行審計。而在內部控制審計中，註冊會計師則不能繞過內部控制測試程式進行審計，註冊會計師應當針對每一審計領域獲取控制有效性的證據，以便對內部控制整體的有效性發表意見。

第三，內部控制測試結果所要達到的可靠程度不完全相同。在財務報告審計中，對控制測試的可靠性要求相對較低，註冊會計師測試的樣本量也有一定的彈性。在內部控制審計中，註冊會計師則需要獲取內部控制有效性的高度保證，因此對控制測試的可靠性要求較嚴，樣本量選擇相對彈性較小。

第四，兩者對控制缺陷的評價要求不同。在財務報告審計中，註冊會計師僅需將審計過程中識別出的內部控制缺陷區分為值得關注的內部控制缺陷和一般缺陷。而在內部控制審計中，註冊會計師需要對內部控制缺陷進行嚴格的評估，將值得關注的內部控制缺陷進一步區分為重大缺陷和重要缺陷。重大缺陷將影響到審計意見的型別。

第五，審計報告的內容不同。在財務報告審計中，註冊會計師一般不對外報告內部控制的情況，除非內部控制影響到對財務報告發表的審計意見。在內部控制審計中，註冊會計師應報告內部控制的有效性。