微生物的含義：非分類學上名詞，來自法語“Microbe”一詞。是形體微小、單細胞或個體結構簡單的多細

胞、甚至無細胞結構的低等生物的通稱。

種類：微生物類群十分龐雜，包括：無細胞結構的病毒、類病毒、擬病毒等，

屬於原核生物的細菌、放線菌、立克次氏體、衣原體等，

屬於真核生物的酵母菌和黴菌，單細胞藻類、原生動物等。 動物界Animalia：不具細胞壁，可運動，不進行光合作用。

植物界Plantae：具有細胞壁，不運動，可進行光合作用。

三界：原生生物界Protista：（E.H.Haeckel,1866年提出） 原核生物界Monera：細菌、放線菌等

原生生物界Protista：藻類、原生動物、粘菌等

真菌界Fungi：酵母、黴菌

動物界Animalia：

植物界Plantae：

五界系統是以細胞結構分化的等級以及和光合、吸收、攝食這三種主要營養方式有關的組織型別為基礎的。六界：加上病毒界。 Woese用寡核苷酸序列編目分析法對60多株細菌的16SrRNA序列進行比較後，驚奇地發現：產甲烷細菌完全沒有作為細菌特徵的那些序列，於是提出了生命的第三種形式--古細菌(archaebacteria）。隨後他又對包括某些真核生物在內的大量菌株進行了16SrRNA(18SrRNA)序列的分析比較，又發現極端嗜鹽菌和極端嗜酸嗜熱菌也和產甲烷細菌一樣，具有既不同其他細菌也不同於其核生物的序列特徵，而它們之間則具有許多共同的序列特徵。於是提出將生物分成為三界（Kingdom）（後來改稱三個域）：古細菌、真細菌(Eubacteria）和真核生物(Eukaryotes）。1990年，他為了避免把古細菌也看作是細菌的一類，他又把三界（域）改稱為：Bacteria（細菌）、Archaea(古生菌）和Eukarya（真核生物），並構建了三界（域）生物的系統樹。